拉卜楞寺六大學院，有的分工研究佛學哲理，有的探求自然科學。教義中滲有知識，知識又通過教義解釋。哲學、文學、修辭學、語言學，大小五明又都貫穿在各學院的學科中。
聞思學院
聞思學院是拉卜楞寺創建後所創立的第一所學院，也是六大學院中規模最大、僧人最多的學院。學員最多時達3000餘人。
聞思學院是研究藏傳佛教顯宗之地。格魯派認為顯宗是僧人學習的根本，因而有不明顯宗，枉為出家僧人之說。聞思學院在拉卜楞寺處於舉足輕重的地位，很多僧人都投身於該學院門下。按照「博學之、審問之、慎思之、明辯之、篤信之」的原則，廣聞經義，聞後思維。通過辯論，然後進行修持，經過15年苦讀，學完因明學、智慧學、中觀學、俱捨學、律學部。如能考取「多然巴」（博士）學位，則有希望被指派為活佛的經師或屬寺的活佛。去世之後，還有可能進入新的活佛轉世軌道，終成「正果」。
█續部上、下學院
續部上、下學院是六大學院中僅次於聞思學院的兩大學府，學員一般在五六百人以上。是研究藏傳佛教密宗的學院。密宗以修持秘密真言而得名。
學院的教規嚴格又繁雜，求學僧人必須按《密宗道次弟子廣論》，遵循一定的程序，賭咒發誓，才能傳續。下學院主要學習密宗教義，廣授法師之灌頂，教化善根弟子入密宗金剛乘後，立於成立之道。上學院主要學習密宗，受法師之灌頂口訣，研究生起和圓滿次第之道，修行密宗真諦。
█喜金剛學院
喜金剛學院研究內容之一是金剛的生起和圓滿次第。按現代分類習慣，它是一座集音樂、舞蹈、書法、繪畫、工藝製作、彩砂製壇城的綜合性藝術學院。學院規模不大，一般有三、四百學員，他們最拿手的是彩砂繪製壇城。
每年3月15日，拉卜楞寺都要舉行時輪金剛法會。在供奉的壇城下首，由時輪金剛學院精選的十餘名高僧，身著法衣，手執法鈴，冠頂五瓣蓮花帽，舞蹈誦經。
█醫學院
藏醫學院的學制非常漫長，在15年左右。學生的課程也很繁重。學生進校後，除了讀經文外，還學習藏醫藥的採、製，疾病的診、治等。分初、中、高三個階段。初級階段學習《總則》和《總則續經》、《後續經》。中級班要背誦《偏經》、《藥王經》、《後續藥王經》。經考試及格後升入高級班，開始對《四部醫典》等深奧理論的研究。
該學院教學方式十分講究理論與實踐的結合。
█時輪學院
時輪學院除修習有關的時輪密乘外，著重對時輪（時間變化）、天文、曆算進行學習研究。汲取了漢族夏曆曆算方法及印度、尼泊爾《時輪經》精華的藏族曆算具有自己獨特風格。時輪學院的主要任務是每年測算出第二年及數年間的年曆。
該學院推算曆法引進了三種「日」的概念。除「太陽日」以外，還有太陰日和宮日。這在全世界的曆書中是鮮見少有的。
在時輪學院，學員還要對聲明、語言、詩詞、書法、繪壇、音韻的手訣、步法等進行學習研究。學院共分三個學級，學業年限不定，學期與聞思學院相同。
